Die meisten Schokobrunnen verfügen über getrennte Schalter für die Heizfunktion und den Motor. Zunächst wird die Schokolade ins Auffangbecken gefüllt und durch die Heizfunktion geschmolzen. Wenn die Schokolade dann vollständig geschnolzen ist, kann der Motor eingeschaltet werden. Über die Transportschnecke, die sich im Innern des Turms befindet, wird die Schokolade zur Spitze transportiert. Dort angekommen, fließt die warme Schokolade die Kaskaden herunter, wo man dann Früchte, am besten auf Fonduegabeln aufgestochen, darunter halten kann. Die restliche Schokolade fließt zurück ins Auffangbecken und wird erneut durch den Turm nach oben transportiert.